Jak vznikl? Bezprostředně po komunálních volbách v roce 1998 bylo nutné, aby se obce mimo jiné také přizpůsobily nové dotační politice státu i připravované reformě státní správy. Snahou obcí o rychlejší a účelnější postup v obnově venkova a vědomí, že řešení mnoha problémů má jednoznačně nadobecní charakter – to vše vedlo jednotlivé obce k dobrovolnému sdružení.


Zájmová sdružení venkovských obcí vznikala a rozvíjela svou činnost v geograficky ucelených a životem desítek generací místních obyvatel historicky ověřených územích. Občas bez ohledu na dnešní hranice okresů či krajů. S ohledem na terminologii EU se takové území začalo nazývat mikroregion.


Myšlenka sloučit obce u Moravských Budějovic v jedno zájmové sdružení vznikla na konci roku 1999. Krátce nato v lednu 2000 se uskutečnila první pracovní schůzka.


Dne 7. března 2000 proběhla v Moravských Budějovicích ustavující členská schůze Moravskobudějovického mikroregionu. Do mikroregionu se zapojili jako zakládající členové následující obce: Babice, Cidlina, Častohostice, Dědice, Dešov, Domamil, Jakubov, Kojatice, Komárovice, Láz, Lesná, Litohoř, Lukov, Martínkov, Moravské Budějovice, Nimpšov, Nové Syrovice, Radkovice u Budče, Vícenice, Zvěrkovice a Želetava. Ještě téhož roku byla přijata do mikroregionu obec Hornice.


Téhož dne byl také zvolen všemi hlasy přítomných zakladatelů předseda Jan Nekula, místopředseda a rada.


Po odchodu předsedy mikroregionu Jana Nekuly do starobního důchodu došlo 22. listopadu 2006 k volbě nového předsedy, místopředsedy a rady Moravskobudějovického mikroregionu. Za předsedkyni byla zvolena Jana Kiesewetterová, za místopředsedu Oldřich Čech. Následně byl mikroregion rozšířen o další obec a to Meziříčko.