Chrám opravovali tři roky, od podzimu roku 2019 do srpna roku letošního. Na fakturách bylo celkem zaplaceno 105 737 000 korun. Největší podíl na opravách má firma ARCHATT PAMÁTKY. Nový oltář a ostatní nové liturgické vybavení je z dílny Otmara Olivy z Velehradu.
Slavnostní mši svatou sloužil Mons. Vojtěch Cikrle, emeritní biskup brněnské diecéze společně z jaroměřickým farářem Tomášem Holcnerem za přispění kněžích z okolních farností. Organizačně na znovuotevření chrámu se podíleli místní farníci s jaroměřickými skauty a jaroměřickými dobrovolnými hasiči. Začátek slavnostního otevření se odehrával před chrámem, slavnostním průvodem kněžích, přicházejících k aktu předání klíče od chrámu, od stavebníků, hraběti J. A. z Questenberka společně s jeho chotí. Tomuto aktu byli přítomni zástupci stavebních firem, starosta Jaroměřic nad Rokytnou Karel Müller a hejtman Kraje Vysočina Vítězslav Schrek. Hrabě předal klíč otci biskupovi a ten ho dal jaroměřickému faráři Holcnerovi. Po odemčení střežených hlavních dveří do chrámu Páně vešel celý zástup kněžích dovnitř a za nimi významní hosté. Za hosty se už trousili zvědaví návštěvníci této významné události. Následovala slavnostní mše svatá, při které byl otcem biskupem posvěcen nový oltář, zapálena kadidelnice, rozžehnuto věčné světlo a slavnostní svíce a další nové liturgické vybavení. Po mši biskup Cikrle žehnal věřícím i ostatním návštěvníkům a se svým průvodem opustil chrám svaté Markéty.
Návštěvníci měli možnost si po mši prohlédnout nově opravené prostory. Tento významný den byl večer zakončený slavnostním koncertem souboru Musica animata za doprovodu Malého smyčcového orchestru Základní umělecké školy Třebíč, který pod vedením uměleckého vedoucího a dirigenta Karla Tomka zahrál a zazpíval díla od Karla Jenkinse a od Charlese Norwella.
Nechť je chrám svaté Markéty barokní perlou Vysočiny pro všechny a Domem Božím pro ty, kteří hledají pokoj, klid, mír, usmíření a spásu. S těmito slovy se jaroměřický pan farář Tomáš Holcner rozloučil po slavnostním programu s těmi, co přišli prvního října na znovuotevření chrámu po třech letech.
Zbyněk Hobza