31. ledna 2007 obhájce Jan Herout podal stížnost pro podjatost na soudního znalce Slavomila Hubálka. Státní zástupce stížnosti vyhověl. Policie hledá nového znalce. Na začátku února byl Zelenka převezen z Hradce Králové do vazební věznice v Brně na psychiatrické oddělení. Hrozilo, že spáchá sebevraždu.

13. února 2007 zastupitelé kraje Vysočina schválili dar obětem heparinového vraha. Devět z nich dostalo 100 tisíc korun, osm pak 20 tisíc. Novým psychologem Petra Zelenky se stal Petr Goldmann z psychiatrické léčebny v Praze–Bohnicích.

26. února 2007 pitva odhalila, že jeden z pacientů patřících na seznam obětí, které se pokusil Zelenka zabít, nezemřel kvůli podání heparinu.

20. března 2007 Ministerstvo zdravotnictví zveřejnilo výsledky komise. Ta zjistila, že od roku 1999, kdy Zelenka na ARO pracoval, nastalo jedenáct podezřelých úmrtí na heparin. Ministerstvo podalo stejný počet trestních oznámení na neznámého pachatele.

Červen 2007 Policie v nemocnici v Havlíčkově Brodě prověřuje již přes třicet podezřelých případů, kdy mohlo dojít k pochybení lékařů. Zelenka byl znovu převezen na psychiatrii do vazební věznice v Brně. Zde se měl pokusit o sebevraždu.

Červenec 2007 Petr Zelenka učinil první zpověď ke svému motivu: „Natáhl jsem ten heparin a uvnitř mě to hnalo hned ho jít píchnout. Ať to bylo jednou nebo dvakrát, měl jsem nutkání to podat. Nevnímal jsem to, že by mě někdo přistihl, nedokázal jsem to sám zastavit, byl jsem uspokojen, že se ti pacienti léčí, že je kolem nich moc práce, to mě vzrušovalo.“

26. října 2007 se obhájce Jan Herout a Petr Zelenka seznámili s vyšetřovacím spisem. Policie ukončila vyšetřování. Spis byl předán státnímu zastupitelství v Hradci Králové. Zelenka je obviněn ze sedmi vražd a deseti pokusů o vraždu. V listopadu obhájce Herout podává návrh na překvalifikování čtyř případů z dokonané vraždy na pokus. Důvodem jsou pochybnosti ve znaleckém posudku o příčinné souvislosti s podáním heparinu a smrtí pacienta.

30. listopadu byla vypracována státním zastupitelstvím obžaloba na Petra Zelenku.

Případ bude nyní studovat Krajský soud v Hradci Králové.